De Zweed Carl von Linné ( Carolus Linnaeus) leefde van 1707 tot 1778. Hij promoveerde aan de universiteit van Harderwijk. Linnaeus is de grondlegger van de wetenschappelijke naamgeving. Zijn ordeningssysteem was gebaseerd op een slimme manier om bestaande gegevens van organismen in te delen.
Zo werden planten door Linnaeus bijvoorbeeld ingedeeld op basis van de anatomische vorm en het aantal van hun meeldraden.

Linnaeus gaf aan iedere soort een geslachtsnaam en een soortaanduiding.
Deze manier van indelen staat bekend als de binaire naamgeving en wordt nog steeds gebruikt.

De mens werd in zijn systeem Homo sapiens genoemd. Het eerste deel (homo) is de geslachtsnaam. Deze wordt met een hoofdletter geschreven.
Het tweede deel (sapiens) is de soortsnaam. De hond heet Canis familiaris L.
De L. betekent dat Linnaeus die naam (voor het eerst) heeft gegeven.

Taxonomie en soort

Ordening volgens Linnaeus

Taal van de wetenschap

Verwantschap en stambomen

Tegenwoordig deelt men soorten meestal in op grond van hun onderlinge verwantschap. Daarvoor zijn verschillende methoden, zoals het vergelijken van de bouw van levende soorten en fossielen en het vergelijken van eiwitten en DNA. Een bekende valkuil is het feit dat sommige soorten  erg veel op elkaar lijken, maar helemaal niet zo verwant blijken te zijn.

Bij het vaststellen van verwantschap wordt vaak gebruik gemaakt van het vergelijken van DNA afkomstig van verschillende soorten.
Hoe meer overeenkomsten in DNA of eiwit samenstelling, hoe meer verwantschap.
Op grond daarvan kan een ontwikkelingslijn worden samengesteld.

Monofyletische groep of clade

Bij het construeren van stambomen proberen wetenschappers de evolutionaire relaties daarin weer te geven. Deze methode wordt cladistiek genoemd (clados Gr. betekent tak). Elke tak, een clade, omvat alle soorten die afstammen van een bepaalde voorouder. Zo’n tak heet ook wel een monofyletische groep.
Bij de rode lijntjes in de figuur kun je dus een clade afknippen.

Om een clade te construeren vergelijkt men kenmerken van de bouw, maar ook DNA-sequenties. De meest waarschijnlijke stamboom is zo geconstrueerd dat het minste aantal "stappen" (veranderingen in vorm) vergt om alle onderzochte soorten in een evolutionair verband te brengen. De zo ontstane stamboom heet een cladogram.

Convergente evolutie

Walvissen en haaien vertonen veel overeenkomsten: beide zijn goed aangepast aan het leven onderwater en vertonen dus gelijke eigenschappen (bijv. een gestroomlijnd lichaam). Toch hebben ze geen recente gemeenschappelijke voorouder en behoren ze niet tot dezelfde taxonomische groep. De ontwikkeling die beide diergroepen hebben doorgemaakt, heeft echter wel geleid tot dezelfde vorm. Dit heet convergentie.

Structuren met dezelfde bouw en functie die in de evolutie afzonderlijk tot stand zijn gekomen, noemt men analoog.

Een bekend voorbeeld van convergente evolutie is die van de alk, levend op het noordelijk halfrond, en de pinguïn op het zuidelijk halfrond. Beide vogels lijken bijzonder veel op elkaar en bezetten een vergelijkbare ecologische niche.
Een analyse van eiwitten bracht echter aan het licht dat deze soorten niet zo sterk verwant zijn als hun voorkomen doet vermoeden.
Dat men dit lang over het hoofd zag, blijkt nog uit de Latijnse geslachtsnaam van de reuzenalk: Pinguinis.

Divergente evolutie

Elk kenmerk dat door twee of meer organismen wordt gedeeld en dat geërfd is van een gemeenschappelijke voorouder noemen we homoloog. Dat kan een DNA gedeelte, een anatomische structuur of zelfs een gedragskenmerk zijn.
Homologe organen zijn dus organen die oorspronkelijk hetzelfde bouwplan en dezelfde functie hadden, maar door veranderende omstandigheden en evolutie andere vormen en functies kunnen hebben gekregen.
Verschillen ontstaan door divergente evolutie.

Een voorbeeld hiervan zijn de walvisvin en het paardenbeen; beide stammen af van één basispoot die aan een gemeenschappelijke voorouder heeft vastgezeten. Voor bijna elk botje van het paardenbeen is er een overeenkomstig botje in de walvisvin.
Zo is de blauwe vinvis meer verwant aan het paard dan aan de walvishaai.

Embryologie en verwantschap

De embryonale ontwikkeling van verschillende diersoorten vertoont veel overeenkomsten, vooral in het begin van de ontwikkeling.
Zo lijkt een kippenembryo bijvoorbeeld tot een bepaald ontwikkelingsstadium sterk op een mensenembryo.

De Duitser Ernst Haeckel (1834-1919) leidde daaruit af dat een organisme tijdens zijn embryonale ontwikkeling (ontogenie) alle stadia van zijn evolutie (fylogenie) doorloopt, van eencellige tot vis naar salamander enz.
De ideeën van Haeckel zijn achterhaald, maar de overeenkomsten in bouwplan tussen de gewervelden zijn ook tijdens de embryonale periode duidelijk

DNA-onderzoek

Een zeer betrouwbaar instrument bij het nagaan van verwantschap is onderzoek van het DNA. Dit gebeurt door het DNA van verschillende soorten te vergelijken. Zo valt te achterhalen in hoeverre de soorten van elkaar verschillen of juist overeenkomen.
Onderzoek van mitochondriaal DNA geeft informatie over afstamming via de moeder.
Mitochondria worden immers doorgegeven via de eicel.

DNA-onderzoek kan vaak vrij nauwkeurige analyses opleveren over de evolutie van een bepaalde diergroep. Gegevens over DNA kan een stamboom die gebaseerd is op morfologische kenmerken ondersteunen, maar dit is niet noodzakelijk het geval.

Biogeografie

De verdeling van soorten over de aarde kan zowel informatie geven over de soorten, als over de geschiedenis van het aardoppervlak.

Zo komen buideldieren voor in Noord en Zuid-Amerika, in Australië en
in Nieuw Guinea, maar niet in de rest van Azië. Er zijn geen trekroutes bekend tussen de beide populaties. Dat was blijkbaar ook niet nodig: 200 miljoen jaar geleden vormden Zuid-Amerika, Antarctica en Australië één groot continent.